• 细菌基因组完成图

    基于Nanopore纳米孔测序技术,克服基因组中重复区域和高GC区域组装难题。精确组装出

    细菌完成图,可为微生物功能基因挖掘、病原菌防控、发酵育种等各领域提供全面准确的支持。

    组装细菌基因组完成图,no N 碱基,no gap!

  • 分析内容

    分析内容自由搭配,个性定制

    1

    组装

    数据处理

    数据质控

    序列组装及补洞

    组装结果评估

    2

    基因注释

    基因结构预测
    基因功能注释
    ncRNA 预测
    重复序列分析
    CRISPR分析
    GB文件生成

    3

    高级分析

    比较基因组分析(基因家族,共线性,进化树)

    基因岛(Genome Island)

    预测前噬菌体 (Prophage)预测次级代谢基因簇分析

    PHI数据库注释

    CAZy数据库注释

    分泌系统蛋白及T3SS效应蛋白预测

    细菌病原体的毒力因子(VFDB)注释

    耐药基因(ARDB)注释

  •    构建Nanopore(~30K)文库,利用PromethION平台测序,de novo 组装获得基因组完成图并进行生物信息分析;

    以下基因组需修改方案(1)基因组大小>8M;(2)所含质粒数>4;(3)GC含量<30%或者>70%。

    1

    测序策略

    策略1:三代Nanopore(30×) + 二代(1Gb)

    策略2:三代Nanopore(100×)

    2

    组装指标

    完成图

    (无N碱基,无gap)

    单碱基错误率<0.01%

    3

    项目周期

    建库测序:25个工作日
    标准分析:15个工作日
    高级分析:根据实际分析内容而定

  • 送样要求

       1)样品类型: DNA/菌体;

       2)样品需求量:菌体样本:≥5g; 完成图基因组DNA:≥10μg;

       3)样品浓度:≥30ng/µL;

       4)样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染;

       5)样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输;

  • 参考文献

    Completing bacterial genome assemblies with multiplex MinION sequencing[J]. Microbial Genomics, 2017, 3(10).

    MinION-based long-read sequencing and assembly extends the Caenorhabditis elegans reference genome[J]. Genome research, 2017: gr. 221184.117.

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