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首篇大豆转录组文章

RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

期刊:BMC Plant Biology
影响因子:3.631
发表年份:2010年8月

一、研究背景

这片文章是大豆的第一篇RNA-Seq文章

二、项目设计

  1. 取材 取大豆各个部位,共14个样品。包括:叶,花,豆荚,2个时期的荚皮,根,根瘤,和7个不同发育时期的种子。
  2. 测序 测序平台为 GAII, 读长为36bp,每个组织数据量在2.7M ~ 9.6M

三、研究内容

3.1 样品聚类

通过基于表达模式的样品聚类分析,将14个样品分成了 underground, aerial 和 seed三类。

通过层次聚类,将样品的表达模式明显分成四组:地下组织、地上组织、种子。

3.2 组织特异表达分析(Tissue-Specific analysis)

组织特异表达的基因,通常与该组织独特的功能、环境相关。

Z-score分布可以反应基因表达在各个样品中的差异情况。 通过计算各个样品的Z-score,发现:

1. 在基因Z-score分布上,结论与样品聚类分析一致,地下组织、地上组织、种子间有明显差异;

2. Z-score大(文中筛选为3.4~3.6)的基因即为组织特异表达基因

3.3 差异表达分析

鉴定任意两两样品之间差异表达基因,可以进行功能差异的比较。

上图是差异表达基因数目矩阵。

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