• 环状RNA测序:

    环状RNA(circular RNA, circRNA)是一类新的非编码RNA,在动植物中广泛存在。通过去除rRNA、线性RNA的链特异性建库方法富集circRNA,基于高通量测序,可以获得大量circRNA的信息,通过生物信息分析,预测cirRNA的结构及靶目标。

  • 产品特色

    circRNA鉴定

    通过circRNA环形剪接的特点,识别鉴定circRNA转录本,并分析circRNA的来源。

    circRNA表达分析

    circRNA的表达一般具有组织特异性,通过对所有样本中circRNA的表达量估计,可以了解circRNA在样本中的表达模式,分形样本在表达模式上的相关性。

    circRNA差异表达分析

    在处理组和对照组之间,分析差异表达的circRNA,推测差异的circRNA与表型差异的关系。

    来源基因的KEGG/GO富集分析

    在特定条件下有的基因的转录本会形成circRNA,而不形成mRNA。对差异circRNA的来源基因进行GO/KEGG富集分析,有助于分析差异表型与circRNA的功能。

    miRNA与circRNA互作分析

    研究发现一些circRNA序列上存在miRNA的结合位置,这些circRNA可以招募miRNA,参与转录调节。

  • 常见问题

    1 circRNA建库方法有什么特点?

    circRNA的建库方法采用去除rRNA,去除线性RNA的策略富集circRNA,并用链特异性建库以区分circRNA来源与基因的正负链。

    2 每个样本应该测多少数据量,重复?

    推荐大于8G的数据量。如果需要做样品间的比较分析,推荐至少3个组内重复。

  • 参考案例

    circRNA在植物中广泛存在

    文献名称:Widespread noncoding circular RNAs in plants

    发表期刊:New Phytologist

    发表时间:2015年

    影响因子:7.330

    研究概述

    circRNA最先在动物中发现,在植物中的关注很少。作者通过已发表的RNA-seq的公共数据,全基因组范围内鉴定了水稻和拟南芥中的circRNA,并分析了植物circRNA的结构特点。最后比较了circRNA在磷饥饿和正常环境下的表达模式差异。

    NaCl容液处理

    方案设计

    1. 利用公共数据库中的水稻和拟南芥的RNA-seq数据,鉴定circRNA
    2. 通过PCR验证预测的circRNA
    3. 对预测的circRNA序列保守性、序列结构分析(内含子、外显子、重复序列)
    4. 分析预测的circRNA的表达模式,深入分析了在磷充足和磷饥饿条件下,circRNA的表达模式

    研究结果

    1. 在水稻中,鉴定了12,037条circRNA,在拟南芥中鉴定了6,012条circRNA。这些circRNA主要来源于编码区。
    2. PCR验证了水稻中56%(10/18)预测的circRNA。
    3. 通过对circRNA来源基因在其他物种中搜索同源基因,发现水稻和拟南芥有700个circRNA来源基因在其他物种存在同源基因。没有发现circRNA的内含子区域存在保守的motif。
    4. circRNA的内含子长度大于线性基因,具有更少的重复序列和反向互补序列。
    5. 植物的circRNA具有不同的表达模式,在磷充足和磷饥饿条件下,有27个circRNA差异表达。一些circRNA基因的表达模式和它们的来源基因显著相关。
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