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贝纳基因ONT Ultra-long 新突破,助力构建超高质量基因组

 



 

Oxford Nanopore 测序平台独特的Ultra-long测序能够产生超长测序片段,轻松跨越基因组中大片段重复区域,能够显著提升物种基因组组装效果,填补基因组中gap,使得T2T(Telomere-to-Telomere)的gap-free基因组组装成为可能。

 

贝纳基因生产研发部通过改良、优化动植物样品提取流程,实现不切胶、不富集片段,直接测序产出超长片段,最新植物ONT超长案例,测得最长Reads长度达1.766 Mb

 

某单子叶植物 ONT Ultra-long测序,不切胶、不富集片段,单张芯片reads N50大于100kb的数据量为22.6Gb,长度大于100kb的reads占总数据量31.5%。

 

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贝纳基因目前已完成多类动、植物样本的ONT超长建库测序,具有丰富的动、植物组织超长DNA提取和ONT Ultra-long建库测序项目经验。

 

ONT Ultra-long 应用领域:

 

1.组装T2T物种基因组,克服了着丝粒或高重复区域的组装困难的问题,染色体的连续性和完整性大大提高,有助于对基因组中高重复序列区域或高重复结构进行深入研究。例如,人类完整的8号染色体组装[1]以及拟南芥T2T近完成图的组装[2]

 

2. 对于已有参考基因组的物种,ONT Ultra-long reads能够有效减少基因组的gap,特别是在人类基因组和拟南芥基因组中已有报道。例如,ONT reads已被用于填补人类参考基因组中的12个gap(每个gap长度>50 kb)[3],并且用于组装人类Y染色体的着丝粒区域[4]

 

 

参考文献:

[1] Eichler E ,  Logsdon G ,  Vollger M , et al. The structure, function, and evolution of a complete human chromosome 8. Nature, 2021.

[2]Wang B, et al. High-quality Arabidopsis thaliana Genome Assembly with Nanopore and HiFi Long Reads. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2021.

[3] Jain M , et al. Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads. Nature Biotechnology, 2018.

[4] Jain, M, et al. Linear assembly of a human centromere on the Y chromosome[J]. Nature Biotechnology, 2018.


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