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纳米孔测序用于动植物基因组研究系列讲座一:基于ONT测序的红豆杉基因组组装及紫杉醇代谢通路的研究

 
 
 
 
 
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于公众号:
NanoporeTechnologies
 
 
 
 
 
 
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植物基因组通常较大、高度重复且呈现多种倍性,因而使用短读长测序技术时难以对其进行测序和组装。动物基因组学为许多科学研究领域提供了宝贵的见解,从使用模式生物体来研究人类疾病,到动物健康、繁殖、保护和演变。

 

纳米孔测序能够对长和超长 DNA 片段进行测序,读长可长达 4 Mb,且能够强化基因组组装,从而解析复杂的重复区域、结构变异、转座子和转基因插入。通过对天然 DNA 进行直接、无扩增测序,保留并同步检测修饰碱基及核苷酸序列。

 

在此,Oxford Nanopore Technologies将为大家带来纳米孔测序用于动植物基因组研究系列讲座。首期,11月17日,由武汉贝纳科技服务有限公司基因组事业部总监杨路路博士为我们分享基于ONT测序的红豆杉基因组组装及紫杉醇代谢通路的研究,您将有机会在演讲中提交您的问题,嘉宾将在演讲结束后参与在线的实时问答环节。

 

报名方式

 

 



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免费报名参加

 

会议日程

 

15:00-15:15

主题:欢迎与纳米孔测序技术介绍

讲师:王小薇

Oxford Nanopore大客户经理

15:15-15:55

主题:基于ONT测序的红豆杉基因组组装及紫杉醇代谢通路的研究

讲师:杨路路博士

武汉贝纳科技服务有限公司基因组事业部总监

15:55-16:00

在线答疑

 

 

嘉宾简介与演讲摘要

 

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杨路路博士

 

武汉贝纳科技服务有限公司基因组事业部总监

 

毕业于中国科学院武汉植物研究所。多年从事药用植物遗传育种和进化研究,发表多篇SCI论文,参与主持基因组、泛基因组及重测序项目100多项。

 

演讲摘要

本研究组装获得高质量染色体级别的云南红豆杉(Taxus yunnanensis)基因组(10.7 Gb,Contig N50: 2.89 Mb),探讨了红豆杉与其他裸子植物的遗传进化关系及其基因组增大的原因,同时对红豆杉中紫杉醇合成通路基因进行了系统挖掘,发现紫杉醇合成基因多以基因簇的形式分布于12号染色体上,而基因组串联重复导致了红豆杉特异性CYP725A基因家族成员的扩增,同时结合转录组共表达推测了紫杉醇合成途径中未知的羟化酶基因,为紫杉醇合成途径的进一步挖掘提供了重要资源和信息。该研究将有助于进一步阐明裸子植物间的进化关系和紫杉醇的生物合成途径。

 

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王小薇

 

大客户经理

Oxford Nanopore Technologies

厦门大学生物系本科,硕士,上海交大安泰MBA,10年分子生物学和高通量测序领域从业经验。先后就职于华大基因,德国QIAGEN等行业知名企业的研发,技术支持和市场部门。

 

 

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下期预告

 

11月25日:西安交通大学叶凯教授:三个罂粟基因组揭示吗啡喃和那可丁生物合成途径的跳跃式演化

 

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