您好,欢迎光临武汉贝纳科技服务有限公司
027-62435310 | service@benagen.com | 中文 | English 咨询客服
您现在的位置:主页 > 市场与支持 > 文献解读 >

文献解读 | ONT宏基因组解析土壤粪产碱菌中抗菌代谢物

本研究将传统筛选方法、液相色谱-质谱(LC/MS)和Nanopore宏基因组分析结合,对土壤分离物产生的活性代谢物进行解析。传统筛选后通过16S rRNA鉴定出的粪产碱杆菌分离菌MZ921504(革兰氏阴性),广泛的对多耐药革兰氏阳性和革兰氏阴性病原体具抗菌活性,其LC/MS分析证实了四氢嘧啶、杆菌素等的存在。宏基因组学分析揭示了四氢嘧啶、杆菌素等的保守生物合成基因簇的存在。推测可通过MZ921504获得抗菌代谢物。

 

图片

 

英文标题:A Metagenomic Nanopore Sequence Analysis Combined with Conventional Screening and Spectroscopic Methods for Deciphering the Antimicrobial Metabolites Produced by Alcaligenes faecalis Soil Isolate MZ921504

 

中文标题:Nanopore宏基因组结合常规筛选和光谱方法,解析土壤分离得到的粪产碱菌MZ921504产生的抗菌代谢物

 

发表期刊:Antibiotics

 

影响因子:4.639

 

发表时间:2021年11月11日

 

技术路线:

 

图片

 

主要结果:

 

1. 分离菌的抗菌活性

 
图片

 

结果表明8个分离株对测试的革兰氏阳性菌呈阳性结果;6个分离株对测试的革兰氏阴性菌呈阳性结果。其中以SS10(革兰氏阳性)与SS17(革兰氏阴性)抗菌范围最广,又因对革兰氏阴性菌株进行的研究很少,选择SS17进行进一步研究。

 

2. 16S测序鉴定

编码为SS17的革兰氏阴性分离株的16s rRNA测序序列与NCBI收录的的粪产碱菌32SR17菌株呈现99%的同一性,故将SS17鉴定为粪产碱菌分离株MZ921504。

 

3. 次级代谢物的质谱分析

图片

 

在31.26分钟的峰109处检测到四氢嘧啶,m/z=143.94;在15.01分钟的峰53处检测到芽孢杆菌素,m/z=607.5099;在12.99分钟的峰39处检测到喹诺杆菌素,m/z=219.2302;在12.99分钟的峰39处检测到伯克霍尔德酸,m/z=303.3043。

 

4. 次级代谢物基因簇的鉴定

图片

 

使用ONT宏基因组分析发现MZ921504的四氢嘧啶生物合成基因簇(以红色表示)与其他13个四氢嘧啶基因簇具有同源性;与产甲烷杆菌素的同源基因簇具有50%的相似性;与各种产芽孢杆菌素的产碱菌属基因簇具60%的相似性;与产喹诺杆菌素的基因簇具26%相似性;与产伯克霍尔德酸的同源基因簇具13%的相似性。

 

小结:

 

本研究结合传统筛选方法、液相色谱-质谱(LC/MS)和Nanopore宏基因组分析,证实了Nanopore宏基因组分析的适用性。Nanopore宏基因组是一种快速可靠的破译活性代谢物性质的方法,大大减少了从天然来源中发现抗菌药物所需的时间。

 

参考文献:

[1]Mohamed A.E., et al., A Metagenomic Nanopore Sequence Analysis Combined with Conventional Screening and Spectroscopic Methods for Deciphering the Antimicrobial Metabolites Produced by Alcaligenes faecalis Soil Isolate MZ921504. Antibiotics. 2021.

 

 

 

Copyright © 2018 武汉贝纳科技服务有限公司 . All Rights Reserved. Designed by 鄂ICP备13016520号-1技术支持:中网维优