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ONT-全长16S专题 | 研发结果分析之模拟菌群篇

 

ONT单碱基准确性影响16S分析准确性吗?模拟菌群的多平台结果对比为您解惑。

 

11种菌进行等比混合,最高丰度与最低丰度间相差10000倍,制作出模拟菌群作为多平台注释结果的标准品。

 

各平台数据量情况:ONT-5w reads、PB-3w ccs、Illumina-20w tags(PB扩增子多为5k ccs,Illumina扩增子多为5w tags,本次研发使用的数据量已远超市面常规数据量)。

 

在种水平,Nanopore平台测得的全长16S注释结果与标准品相比,呈现100%的完整性。同时,Pacbio与Illumina的完整性仅约60%、20%。

 

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以韦恩图呈现种水平下的注释情况,发现ONT平台可检测到PB平台没有测到的4种菌,且可检测到2代扩增子无法测到的8种菌。

 

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将种水平下的注释结果与模拟菌群进行对比作图,发现ONT曲线与标准品最为接近,二代16S的注释结果与标准品的偏离最大,且PB检测不到的4种菌均相对丰度均较低。

 

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对多平台注释结果进行拟合,ONT平台的拟合曲线与标准品最接近,其次是PB、NGS。其中ONT、PB两曲线比较接近,但ONT曲线的R2为0.9877,远高于PB曲线的R2 0.7644,说明ONT曲线的拟合性高于PB曲线。

 

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综上,在对模拟菌群的真实完整呈现上,ONT平台优于PB及NGS平台。

 

 
 

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