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ONT-全长16S专题 | 研发结果之肠道菌群篇

上期介绍了模拟菌群的多平台16S比对结果,本期基于肠道微生物(粪便样本),比较一下Nanopore、Pacbio、Illumina多平台的效果。

 

各平台数据量情况:ONT-5w reads、PB-3w ccs、Illumina-20w tags(PB扩增子多为5k ccs,Illumina扩增子多为5w tags,本次研发使用的数据量已远超市面常规数据量)。

 

属水平饱和性(ONT vs PB)

 

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市面上PB-16S常用数据量为5k ccs,图中5k ccs相较于1w ccs而言还未达到数据饱合;而ONT-16S的4w reads相较于5w reads已趋于数据饱合。

 

种水平注释率(ONT vs NGS vs PB)

 

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基于unclassified类别的相对丰度占比(蓝色区块面积)可知,ONT与PB平台的16S种水平注释率明显优于NGS。

 

研发所用粪便样本的多平台注释率对比如下:

 

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综上:

1. 基于肠道菌群研究,ONT-16S的种属水平注释率明显高于二代16S;

2. 基于肠道菌群研究,ONT-16S的测序数据量相较于PB-16S而言更接近饱合。

 

 
 
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