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项目文章|PBJ—华中农业大学绘制棉花高精度的三维基因组图谱

 

贝纳基因长期专注于Nanopore测序相关的应用与研发,已完成多项基于ONT测序的应用场景开发,率先完成基因组Pore-C建库测序。经过多样本测试,产出稳定,期待为您提供从样本处理到Pore-C测序的全流程服务。

 

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Pore-C 是一个结合染色质构象捕获 (3C) 和纳米孔长读长测序的端到端工作流程,可提供接点信息,从而将现有组装搭建为高度连续的 scaffold。传统 3C 方法通常仅检测两个基因座之间的成对相互作用,而 Pore-C 可从多个基因座中生成高阶接点信息。该方法无需扩增,能够进入 GC 富集和重复基因组区域。表观遗传修饰也保留在纳米孔长读长序列中,可以与核苷酸序列一起得到表征。将该方法与高产出 PromethION™ 测序芯片共同使用,就可以实现高度连续的染色体规模植物基因组组装。测序组装全流程请参考:使用 Pore-C 提高植物基因组组装水平

 

近日,华中农业大学棉花遗传改良团队针对“完整且精细的三维基因组图谱以及非编码调控元件鉴定”展开了研究,研究成果发表于植物学领域高水平期刊Plant Biotechnology Journal。贝纳基因完成此研究的Pore-C建库测序工作。

 

 

该研究利用了最新的多维染色质互作检测技术Pore-C,通过Nanopore长读段测序技术识别染色质多重互作,能很好地分析三维基因组空间结构特征,而且弥补了Hi-C和ChIA-PET等技术的不足,能够用于研究染色质多重互作。该研究结合了多种三维基因组分析技术 (Pore-C, Hi-C和ChIA-PET),构建了目前精度最高的陆地棉TM-1三维基因组图谱,通过分析发现, Pore-C能识别更多拓扑相关结构域间的互作 (TAD clique);并且研究发现TAD clique越大,所包含的B compartment区域越多,基因表达水平越低,也更趋向于分布在着丝粒附近。

 

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该研究通过利用多种三维基因组分析技术(Pore-C, Hi-C和ChIA-PET),构建了陆地棉(TM-1)高精度的三维基因组图谱。通过Pore-C技术分析了三维基因组空间上的多重互作,并研究了多重互作对于基因表达的影响同时,通过多组学联合分析,鉴定了基因组上的非编码调控元件,剖析了三维基因组结构的差异对于亚基因组间同源基因表达不平衡的潜在影响。

 

原文链接:

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/pbi.13877

 

贝纳基因已率先完成Pore-C建库与测序研发,为广大科研用户提供专业的Nanopore测序服务支持。使用 Pore-C 提高植物基因组组装水平,测序组装全流程请参考文章:使用 Pore-C 提高植物基因组组装水平


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