• mRNA-Seq:基因结构、表达、功能研究

    针对mRNA进行测序和分析。可用于:

    结构分析:如从头构建转录本、优化已有基因结构、发现新基因、发现新转录本、发现融合基因、鉴定RNA编辑、检测变异;

    表达分析:如基因在各个样本中的表达定量、样品间差异表达基因鉴定、基于时间序列的表达分析;

    功能挖掘:针对结构分析和表达分析结果进行功能的挖掘,具体方法包括PCA分析、表达模式聚类、共表达网络构建、富集分析等。

  • 建库测序

    承诺采用主流正品试剂和测序仪,承诺更高的数据质量

    正品试剂盒

    正品耗材

    采用 Illunima 、NEB 公司的主流试剂盒进行文库构建。

     

    Hiseq测序仪

    主流测序仪

    采用目前最主流的Hiseq系列测序仪进行测序,使测序数据质量更可靠。

    碱基质量Q30>80%

    更高数据质量

    我们承诺碱基质量Q30>80%。

  • 转录本重构

    不同物种,不同方案

    发现新转录本

    模式物种

    对于有完善基因组的模式物种,如果除了基因表达,还希望研究基因结构,可以利用转录组发现新的转录本。

    优化基因结构

    非模式物种

    对于大多数非模式物种,基因组目前还是草图,除了基因表达,还可以利用转录组优化基因结构。

    从头构建

    无参考基因组

    对于没有参考基因组的物种,可以利用转录组数据从头构建转录本。

  • De novo拼接

    更少冗余,可靠性评价

    Trinity拼接

    主流拼接软件

    无参考序列时,我们首先采用目前公认最优秀的软件Trinity进行拼接。

    Corset聚类

    去除冗余数据

    使用最新Corset软件对拼接结果进行聚类, 去除约40%的冗余数据。

    BUSCO评价

    完整性评价

    基于OrthoDB同源序列数据库,对De novo拼接结果的完整性进行评价。

  • 功能注释

    全面的功能注释和分类

    UniProt

    功能注释

    Swiss-Prot含55万条手工注释的蛋白序列;TrEMBL作为其补充,含6500万条机器注释的序列。

    EggNOG

    基因家族

    EggNOG是一个orthologous groups数据库。可以按照基因家族对基因进行分类。

    Gene Ontology

    功能分类

    Gene Ontology分类是基因功能国际标准分类体系。从细胞组分、分子功能和 生物过程三个方面描述基因功能。

    Pathway

    生物通路

    KEGG Pathway收集了大量手工绘制的Pathway, 是目前最主流的Pathway数据库。

  • 差异表达

    不限次调整软件及参数

    DESeq2/edgeR

    合适的差异软件

    不同项目设计,尤其是生物学重复数目的设计,需要采用不同的差异分析软件。我们会为您选择最合适的软件进行分析。

    logFC/FDR

    灵活调整

    通常采用logFC、FDR两个参数来筛选差异表达基因,我们会根据项目设计和您的要求,不断调整参数,直到您满意。

    GO/Pathway/?

    富集分析

    除了GO和Pathway的富集分析,我们还可以根据您自己构建的分类进行富集分析。

  • 定制分析服务

    您的科研与众不同

    Heatmap绘制及聚类

    直观展示基因的表达模式

    参考价格:免费

    交付周期:2个工作日

    数据要求:基因在各样品中表达量(FPKM或RPKM等标准化)数据

    分析方法:使用R语言绘制热图,并基于基因的表达情况对样品或基因进行层次聚类

    样品间相关性分析

    评估生物学重复之间的相似性

    参考价格:200元

    交付周期:2个工作日

    数据要求:基因在各样品中表达量(FPKM或RPKM等标准化)数据

    分析方法:使用R包计算样品间的相关性指标(如皮尔森相关性系数)后,进行绘图

    主成分分析(PCA)

    降低数据复杂性,研究样品于基因表达之间的关系

    参考价格:500元

    交付周期:2个工作日

    数据要求:基因在各样品中表达量(FPKM或RPKM等标准化)数据

    分析方法:使用R包分析并绘图

    Network作图

    直观表示基因之间的调控关系

    参考价格:500元

    交付周期:5个工作日

    数据要求:基因间调控关系的对应文件(可使用共表达分析结果)

    分析方法:使用Cytoscape软件绘制Network图

All Posts
×