• Nanopore PromethION 24 入驻贝纳基因

     

       重器贺新年,2020年1月9日 Nanopore PromethION-24(以下简称 P24)顺利抵达贝纳基因武汉总部,并完成装机测试。贝纳基因 Nanopore 测序平台再添新成员。PromethION-24 将与 PromethION-48 携手并行,共同为广大新老客户服务,在动植物和微生物基因组 de novo 组装及重测序、转录组测序以及宏基因组测序等领域贡献力量。贝纳基因未来将充分使用P24平台,加快推动千种本草基因组计划,万种微生物基因组完成图计划和10万个人的 Nanopore 宏基因组计划。


       P24 测序仪,具有24个流动槽,可以同时运行24张测序芯片,72小时能获得 3.6Tb 的数据量。目前官方最高纪录为 3.8Tb,仍有进一步改进的空间,将来可能生成 10Tb 的数据。P24 保持了纳米孔测序实时,长读长,直接对 DNA 和 RNA 分子测序,获得碱基修饰信息等特点。仍然可以直接进行数据处理,在测序过程中实现实时的鉴定和比对分析。

  • 贝纳基因与 Oxford Nanopore Technologies 合影

  • 贝纳基因的优势

       贝纳基因作为国内首批引进 Nanopore PromethION 测序平台的公司,拥有多年的高通量测序,三代测序和 Nanopore 测序,以及生物信息分析经验,在Nature 和 Science 系列杂志发表多篇学术论文。


       贝纳基因使用 Nanopore 平台完成数千份细菌基因组、宏基因组测序和数据分析;完成数千份全长转录组和 Direct 转录组测序分析。提出和推动基于 Nanopore 测序的万种微生物基因组完成图计划和10万个人的 Nanopore 宏基因组计划。


       贝纳基因使用 Nanopore 平台完成全球第一个大型复杂植物基因组菊花基因组的组装和后续分析工作。提出和推动千种本草基因组计划,并构建药用植物基因组数据库,推动药材研究的发展。

    Nanopore 测序技术简介

       Nanopore 是基于纳米孔的单分子实时电信号测序技术。其技术原理是 DNA 双链在马达蛋白的带领下与镶嵌在生物膜上的纳米孔蛋白结合并解螺旋,在生物膜两侧电压差的作用下,DNA 双链以一定的速率通过纳米孔通道蛋白,由于 DNA 双链上不同碱基化学性质存在差异,所以当单个碱基或 DNA 分子通过纳米孔通道时,会引起不同电学信号的变化。通过对这些信号进行检测及对应,即可计算获得相应碱基的类型,完成序列的实时测定。

    Nanopore 测序特点

    1)体积小。

    2)读长长,比 PacBio 测序的还要长平均读长能够达到几十到上百 Kb,最长读长能达到2 Mb 以上。

    3)能直接读取出甲基化的胞嘧啶,不用像二代测序那样需要事先对基因组进行 bisulfite 处理。

    4)数据实时读取,并且起始 DNA 在测序过程中不被破坏。

    5)成本低,比 PacBio 测序便宜。

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