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ONT测序质量值重大突破 | 中位值达Q28(准确性达到99.84%)

 

贝纳基因基于ONT最新SQK-LSK114试剂及basecaller - V5.0.0 sup模型,于近日取得测序质量值重大突破(中位值达Q28,准确性达到99.84%)。贝纳团队利用人类血液样本,在单张芯片上实现了单分子实时测序Q28 reads。即日起,贝纳基因将基于最新测序试剂及平台为早期合作客户提供最新应用。

 

2024年5月底,在伦敦举办的London calling 2024,ONT官方正式公布引入基于Transformer的大语言模型训练了新的basecaller - V5.0.0 sup;基于E8.2.1的马达蛋白和basecalling 新模型V5.0.0,将实现单链读取Q26(准确性99.75%)。如下图所示:

 

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ONT质量值比较

 

注:基于E8.2.1的马达蛋白,在原有basecall 模型sup-v4.3.0模式下,单链读取Q24.5(准确性99.65%);而在sup-v5.0.0模式下,单链读取达到Q26.0(准确性99.75%);

 

ONT官方同时提出,基于高质量值测序数据,通过Ultra Long(45X)、6b4 simplex(35X)以及Pore-c(35X)将实现nanopore-only的Q50 T2T基因组组装。这一组装策略标志着基因组构建彻底告别了对多平台组合及短读序列的依赖,迈进单平台、高精准度、超长读长的全新组装纪元!未来,ONT将在Dorado平台上集成一套软件工具,以全自动方式快速执行T2T基因组组装,预期将为数万个物种带来革命性的高质量组装体验。

 

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nanopore-only的Q50 T2T基因组组装策略

 

贝纳基因作为首批拿到SQK-LSK114试剂盒(新升级E8.2.1马达蛋白)的合作供应商,搭配最新basecaller - V5.0.0 sup,取得测序质量值重大突破——碱基质量中位值达到Q28(准确性:99.84%)(略高于ONT官方报道的Q26)。数据展示如下:

 

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不同basecalling模式下Q值的比较

 

注:原有高精度Hac basecalling质控模型,hac-v4.3.0,单链读取Q20(准确性:99%);hac-v5.0.0,单链读取Q21(准确性:99.2%);超高精度Sup basecalling质控模型,sup-v4.3.0,单链读取Q24(准确性:99.60%);sup-v5.0.0,达到单链读取Q28(准确性:99.84%)。

 

 

 

贝纳基因将积极推进超长Q28序列在T2T组装、indel变异位点鉴定等研究上的测试,并基于不同的产品和不同物种,为广大科研工作者提供高质、高产的ONT超长序列! 

 


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