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年终盘点 | 贝纳基因高分项目文章集锦(2022年)

道阻且长,行则将至,我们即将告别在最难熬的2022年披荆斩棘的自己。这一年,我们在疫情反复无法预料的情况下开设《格物致知创新前沿论坛》,为国内外众多年轻学者们免费提供一个在线交流、相互沟通的平台;在“创客中国”总决赛中激烈角逐,斩获“2022年武汉市创业十佳创业企业”荣誉称号;与华中农业大学共建研究生联合培养实践基地,为更多优秀人才提供就业平台;贝纳基因迎来了十岁的生日;在疫情如此严重的情况下也依然取得了理想的成绩。

 

小编汇总了2022年贝纳基因精选的部分高分项目文章解读,贝纳基因也将奔往新的一年啦。

 

一、

基因组方向

 

1. PBJ—4个水稻亲本的端粒-端粒无间隙基因组揭示了杂交水稻的SV和PAV模式

文章标题: The telomere-to-telomere gap-free genome of four rice parents reveals SV and PAV patterns in hybrid rice breeding

发表期刊: Plant Biotechnology Journal

影响因子: 13.263

发表时间: 2022.6.24

贝纳提供的服务: ONT ultra-long测序

研究内容: 该研究利用HiFi和Ultra-long测序结合的组装策略,完成了湘陵628S、晶4155S、隆科638S与华占4个杂交水稻骨干亲本无缺口参考基因组组装,结合其余六个已发表的杂交水稻亲本基因组,系统分析了结构变异在杂交育种过程中的分布和影响,发现结构变异在F1功能基因及转录杂种优势起着重要作用。该研究展示杂种优势和杂交育种研究已进入无缺口参考基因组水平。

 

2. PBJ—华中农业大学绘制棉花高精度的三维基因组图谱(点我查看解读原文)

文章标题: Multi-omics mapping of chromatin interaction resolves the fine hierarchy of 3D genome in allotetraploid cotton

发表期刊: Plant Biotechnology Journal

影响因子: 13.263

发表时间: 2022.6.21

贝纳提供的服务: Pore-C建库测序

研究内容:该研究通过利用多种三维基因组分析技术(Pore-C, Hi-C和ChIA-PET),构建了陆地棉(TM-1)高精度的三维基因组图谱。通过Pore-C技术分析了三维基因组空间上的多重互作,并研究了多重互作对于基因表达的影响;同时,通过多组学联合分析,鉴定了基因组上的非编码调控元件,剖析了三维基因组结构的差异对于亚基因组间同源基因表达不平衡的潜在影响。

 

3.  Frontiers in Plant Science期刊发表构属线粒体基因组异质性和系统进化最新进展(点我查看解读原文)

文章标题: Comparative analysis of mitochondrial genomes of Broussonetia spp. (Moraceae) reveals heterogeneity in structure, synteny, intercellular gene transfer, and RNA editing

发表期刊:Frontiers in Plant Science

影响因子: 6.627

发表时间: 2022.12.01

贝纳提供的服务: 基因组测序

研究内容:本研究组装了三种构树高质量的线粒体基因组,并揭示了它们之间的结构和进化关系,为其他属植物的线粒体基因组研究提供了参考和方向;同时,还为构属植物细胞器基因组之间的信息交流提供了珍贵的遗传资源。

 

4. “常香粳1813“染色体水平基因组揭示香粳和非香粳稻间的基因组变异!(点我查看解读原文)

文章标题: Chromosome-Level Genome Assembly of a Fragrant Japonica Rice Cultivar ‘Changxianggeng 1813’ Provides Insights into Genomic Variations between Fragrant and Non-Fragrant Japonica Rice

发表期刊: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES

影响因子: 6.208

发表时间: 2022.08.26

贝纳提供的服务: 基因组组装及部分分析

研究内容:本研究通过整合Nanopore长读测序、Illumina短读测序和Hi-C数据,组装得到了“常香粳1813“的高质量染色体水平基因组。基于注释数据,证明了badh2-E2型缺失是”常香粳1813“的香味来源。此外,作者还进行了比较基因组分析,进一步支持了”“BADH2在水稻的非生物胁迫耐受性中不起作用 “这一发现。最后,研究者选择了与”常香粳1813“基因组具有高度同源性的非香粳稻日本晴进行了基因组变异研究,结果,鉴定出了大量的SNP、INDEL以及SV。总之,这些基因组资源将有助于阐明重要经济性状的机制,并对芳香粳稻基因组学辅助育种具有广泛意义。

 

5.贝纳基因联合贵州大学等多家单位破译山胡椒基因组,揭示其叶片和果实中主要香气物质的代谢通路点我查看解读原文)

文章标题: Genome of Lindera glauca provides insights into the evolution of biosynthesis genes for aromatic compounds

发表期刊: iScience

影响因子: 6.107

发表时间: 2022.07.14

贝纳提供的服务: 基因组测序及部分分析工作

研究内容:研究首次获得并公开发布了染色体级别的山胡椒参考基因组序列,并揭示了山胡椒D-吉玛烯和罗勒烯合成相关的代谢通路。

 

二、

转录组方向

 

1. 贝纳基因nanopore全长转录组测序助力发表植物学顶级期刊the plant cell点我查看解读原文)

文章标题:The RNA helicase UAP56 and the E3 ubiquitin ligase COP1 coordinately regulate alternative splicing to repress photomorphogenesis in Arabidopsis

发表期刊: The Plant Cell

影响因子: 12.085

发表时间: 2022.08.03

贝纳提供的服务: 全长转录组测序及分析

研究内容:本文证明了UAP56在拟南芥中负调控光发生。UAP56与COP1在体内外均有相互作用。Nanopore转录组测序分析显示,UAP56和COP1共同调节许多基因的表达水平以及许多常见的pri mRNA的剪接。RNA免疫沉淀实验证实UAP56和COP1结合常见的小RNA和靶mRNA。该研究确定了UAP56和COP1在调节植物前体mRNA的AS中的作用和分子机制。

 

2. Nanopore Direct RNA测序揭示表观遗传在中华鳖性逆转中的重要作用(点我查看解读原文)

文章标题: Direct Full-Length RNA Sequencing Reveals an Important Role of Epigenetics During Sexual Reversal in Chinese Soft-Shelled Turtle

发表期刊: Frontiers in Cell and Developmental Biology

影响因子:6.684

发表时间: 2022.3.25

贝纳提供的服务: Direct RNA测序和分析

研究内容:该研究应用Nanopore Direct RNA测序技术研究中华鳖转录组的复杂性。与M表型相比,F表型可变剪接差异显著。m5C和m6A两种RNA甲基化修饰在不同性别表型之间存在差异,并对关键基因的m6A甲基化水平进行了验证。该研究揭示了生物表观遗传在中华鳖性逆转过程中扮演的重要作用。

 

3.cell子刊发表Nanopore Direct RNA测序揭示蜂王和工蜂发育过程中RNA 加工复杂性文章(点我查看解读原文)

文章标题: Extent and complexity of RNA processing in honey bee queen and worker caste development

发表期刊: iScience

影响因子: 6.107

发表时间: 2022.04.25

贝纳提供的服务: Direct RNA测序和分析

研究内容:研究首次发现蜜蜂级型分化过程受到了更为精确的转录本表达差异调控,并证明这些差异的转录本来自于一个非常灵活多变且复杂的可变剪切加工系统。同时,该研究首次发现每条转录本的Poly(A)尾可以通过负调控转录本的表达来参与调控蜜蜂的级型分化。不仅深入解析了蜜蜂级型分化过程中复杂的RNA加工和修饰,也为其它动物的表型可塑性研究以及其内在的分子调控机制提供了科学借鉴。

 

4. 西瓜为什么这么甜?全长转录组测序揭示西瓜果实品质形成的分子机制(点我查看解读原文)

文章标题: Integrative analysis of transcriptomic and metabolomic profiles reveals new insights into the molecular foundation of fruit quality formation in Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai

发表期刊: Food Quality and Safety

发表时间: 2022.3.17

贝纳提供的服务: 全长转录组测序及分析

研究内容:本研究对‘14-1’、‘W600’和F1杂交品系的果肉口感、颜色和品质的分子基础进行了研究,挖掘到与果实口感和颜色相关的差异基因,包括蔗糖合成基因以及类胡萝卜代谢基因等;与果肉质地相关的差异基因,包括纤维素和果胶代谢基因等。在物质代谢方面,鉴定到除了糖代谢之外,类胡萝卜素代谢途径的物质、葫芦素等也存在显著差异。这些与果肉形状相关的枢纽基因和代谢产物,可作为今后西瓜改良的潜在靶点。

 

5.生理学和转录组学联合分析揭示绣球花叶绿体发育对叶片颜色形成的影响(点我查看解读原文)

文章标题:Comparative physiology and transcriptome analysis reveals that chloroplast development infuences silver-white leaf color formation in Hydrangea macrophylla var. Maculata

发表期刊: BMC Plant Biology

发表时间: 2022.07.16

贝纳提供的服务: 转录组测序及分析

研究内容:本研究比较了YB和从YB中获得的全绿叶突变体(YM)在表型、生理和转录组上的差异。结果表明,YB和YM具有相似的遗传背景,但YB光合作用减弱。转录组分析发现YB和YM之间有7023个差异表达基因。YB和YM在光合作用、叶绿体发育和分裂有关的基因表达量不同。本研究为深入研究绣球花叶片成色的分子机制提供新的思路。

 

三、

微生物方向

 

1.Nanopore宏基因组+转录组助力国际免疫学顶刊文章发表,研究揭示恶性肿瘤诱导机体死亡的机制!(点我查看解读原文)

文章标题:Renal NF-kB activation impairs uric acid homeostasis to promote tumor-associated mortality independent of wasting

发表期刊:Immunity

影响因子:43.474

发表时间:2022.08.26

贝纳提供的服务:果蝇肠道的宏基因组测序分析和马氏管的转录组测序分析

研究内容:本研究结合Nanopore宏基因组、转录组以及果蝇遗传学揭示了环境微生物、肠道细菌、肾脏IMD-NF-κB免疫反应和尿酸代谢导致恶性肿瘤诱导机体死亡的调控机制,为深入理解肿瘤-宿主互作、实现荷瘤生存提供了新的角度。

 

2.Pharmacol. Res.期刊发表基于16S微生物多样性揭示白藜芦醇在脊髓损伤后促进神经功能恢复的作用机制(点我查看解读原文)

文章标题:Resveratrol suppressed microglia activation and promoted functional recovery of traumatic spinal cord via improving intestinal microbiota

发表期刊:Pharmacological Research

影响因子:10.334/Q1

发表时间:2022.07.29

贝纳提供的服务:16S微生物多样性测序和部分分析

研究内容:通过研究,白藜芦醇通过改善SCI小鼠小肠生物失调,降低LBP含量,提高小肠代谢产物丁酸盐的含量,进而抑制脊髓小胶质细胞活化,促进SCI小鼠运动和感觉功能的恢复。

 

3.Food Chemistry-葡萄表面微真核生物群落与香气特征的研究(点我查看解读原文)

文章标题:Freeze thaw Cycles Characterize Varietal Aroma of Vidal Blanc Grape dur ing Late Harvest by Shaping Self-assembled Microeukaryotic Communities

发表期刊:Food Chemistry

影响因子:7.514/Q1

发表时间:2022.02.22

贝纳提供的服务:宏基因组测序及分析

研究内容:该研究探索了维达尔白葡萄在晚收期和成熟期的品种香气差异,发现特征性的VOCs与微真核生物多样性存在相关性;对塑造微真核生物群落的随机过程进行量化;鉴定了附生微生物CAZy的重要途径;建立了高表达GTs / GHs与活性酵母的相关矩阵,系统阐释了融胁迫和葡萄状态的关系、表面微真核菌群及其拥有与香气相关的生态系统功能。

 

4. Frontiers in Plant Science期刊,通过芽孢杆菌PGP15加强对重金属的植物修复研究成果(点我查看解读原文)

文章标题:Enhancing the Phytoremediation of Heavy Metals by Combining Hyperaccumulator and Heavy Metal-Resistant Plant Growth-Promoting Bacteria

发表期刊:Frontiers in Plant Science

影响因子:6.627

发表时间:2022.06.02

贝纳提供的服务:细菌完成图的测序分析

研究内容:本研究测试了PGP15改善植物生长和减轻植物中Cd胁迫的能力。此外进行PGP15的全基因组比较基因组分析探索HMT-PGPB促进植物生长的分子机制。提高了对HMT-PGPB与植物之间互作的理解,促进了HMT-PGPB在HM 污染土壤的植物修复中的应用。

 

5.细菌全基因组测序助力乳酸菌的有机酸生物合成代谢途径研究!(点我查看解读原文)

文章标题:Comparative genomics reveals the organic acid biosynthesis metabolic pathways among five lactic acid bacterial species isolated from fermented vegetables

发表期刊:New Biotechnology

影响因子:6.490/Q1

发表时间:2022.05.05

贝纳提供的服务:乳酸菌全基因组的测序和部分分析

研究内容:本研究报告了5种LAB的不同遗传功能和有益有机酸生物合成的全基因组信息。有机酸生物合成代谢途径丰富,具有不同发酵能力的特有和共有基因。此外,这5个基因组包含独特的核心次生代谢物生物合成基因簇和一个具有参与有机酸代谢的新结合位点的CRP转录因子。这些发现提示了这些乳酸菌在工业发酵方面的发展潜能。

 

6.病毒全基因组测序助力解析噬菌体SQ17抗大肠杆菌机制(点我查看解读原文)

文章标题:Application of a novel lytic phage vB_EcoM_SQ17 for the biocontrol of Enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 and Enterotoxigenic E. coli in food matrices

发表期刊:Frontiers in Microbiology

影响因子:6.064

发表时间:2022.08.05

贝纳提供的服务:基因组测序组装及部分分析

研究内容:基因组分析表明SQ17噬菌体不具有抗生素抗性、毒素、溶原性或毒力因子相关基因,是潜在食品应用的绝佳候选者。SQ17具有广泛的宿主范围,能够感染 EHEC O157:H7、ETEC 和其他大肠杆菌菌株。研究表明噬菌体SQ17应用于减少新鲜生菜中的 EHEC O157:H7 和 ETEC 污染,并且SQ17具有高感染能力和快速复制率更适合应用于食品工业。较高温度(25℃)会影响噬菌体的杀菌效果,因此,不建议在食品工业中长时间在高温下储存或加工新鲜食品。

 

 

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