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月刊 | 12月精选文章案例解读

1.Nature Genetics | 纳米孔测序揭示果蝇变态过程中逆转录子的激活为成体抗病毒反应提供条件(点我查看解读原文)

文章标题:Retrotransposon activation during Drosophila metamorphosis conditions adult antiviral responses

发表期刊:Nature Genetics

发表时间:2022.11.17

影响因子:41.307

研究内容:本研究通过实时跟踪逆转座子在果蝇体细胞变态发育过程中的跳跃事件,发现宿主利用特定时期逆转座子的激活而启动先天免疫系统以保护自己抵抗外源病毒的入侵。从进化角度而言,虽然宿主和逆转座子之间的竞赛,永不停息。但是在行使某些生理功能方面,宿主对逆转座子成功的实现了“敌为我用”。生理条件下逆转座子的激活不但不会对宿主产生有害作用,反而会有利于宿主发挥特定的功能。虽然机体已经进化出了非常精细的调控机制去沉默逆转座子的活性,但是逆转座子仍然有可能在生命发育的特定时期或者特定的组织中被激活,并且这种生理条件下的逆转座子激活有可能赋予物种新的生理功能。

 

2.NC期刊发表海雀稗基因组及其耐氮磷缺乏胁迫的机制探究高分文章(点我查看解读原文)

文章标题:Genome of Paspalum vaginatum and the role of trehalose mediated autophagy in increasing maize biomass

发表期刊:nature communications

发表时间:2022.12.13

影响因子:17.694

研究内容:本文通过三代测序技术和遗传图谱等方法,组装注释了染色体水平的海雀稗基因组,通过比较基因组学、转录组、代谢组及生理学、遗传学和分子生物学等实验,证明了海藻糖代谢通路在海雀稗适应不同环境胁迫的过程中可能起到关键作用,为高粱、玉米等农作物抗逆育种提供了重要的思路。

 

3.Direct RNA测序揭示细胞质非典型Poly(A)聚合酶调节动物的先天免疫反应机制(点我查看解读原文)

文章标题:TENT5 cytoplasmic noncanonical poly(A) polymerases regulate the innate immune response in animals

发表期刊:Science Advances

发表时间:2022.11.16

影响因子:14.957

研究内容:本研究描述了秀丽隐杆线虫中唯一的TENT5家族成员F55A12.9/PQN-44,将其命名为TENT-5。转录组学和蛋白质组学分析以及功能研究表明,TENT-5是一种先天性免疫反应调节因子;DRS的Poly(A)尾部分析显示,TENT-5聚腺苷酸酸化并稳定编码防御蛋白的mRNA。确定了秀丽隐杆线虫TENT-5及其哺乳动物直系同源物TENT5A和TENT5C是以前不为人知的调节宿主先天防御的参与者。

 

4.自然条件下虾体内微塑料的微生物及肠道菌群之间的定植联系(点我查看解读原文)

文章标题:A preliminary study of the association between colonization of microorganism on microplastics and intestinal microbiota in shrimp under natural conditions

发表期刊:Journal of Hazardous Materials

发表时间:2020.12.17

影响因子:14.224

研究内容:本研究首次在虾池和凡纳滨对虾中检测到MPs并在全球范围内首次初步探讨了自然条件下微生物在MPs上的定殖与肠道微生物群的关联。沉积物中的微塑料以颗粒状为主,多为白色和蓝色,粒径小于1 mm。对虾微塑料含量高于大多数野生水生生物,与沉积物微塑料含量呈正相关。小尺寸(<0.5mm)的蓝色纤维在虾中占主导地位。MPs上的细菌群落及其微生物功能与对虾肠道相似,在MPs上定殖的细菌群落具有较高的多样性和丰富度。网络分析表明,微生物在MPs上的定殖与对虾肠道微生物群有关。

 

5.金鲳养殖区微塑料污染特征及微塑料上定殖菌群与肠道菌群的关系(点我查看解读原文)

文章标题:Characteristics of microplastic pollution in golden pompano (Trachinotus  ovatus) aquaculture areas and the relationship between colonizedmicrobiota on microplastics and intestinal microflora

发表期刊:Science of the Total Environment

发表时间:202210.01

影响因子:10.753

研究内容:本项研究是第一个调查卵形鲳鲹水产养殖中MPs污染的研究。分析证实了MPs的微生物定殖对T. ovatus肠道菌群的影响。在金鲳鱼肠道中检测到的MPs主要是蓝色或绿色的颗粒和碎片,而沉积物的MPs是主要是黑色纤维。沉积物中的MPs含量由外海养殖区向河口养殖区逐渐增加,并与金鲳鱼肠道内MPs含量呈正相关。20-200 μm的MPs在肠道和沉积物中最常见。MPs的摄入增加了肠道菌群中变形菌的丰度并降低了厚壁菌门的丰度。MPs定殖微生物和肠道微生物群的功能组成相似,表明这两个群落相互影响。网络分析进一步证实了这一点,并揭示弧菌在肠道菌群和MPs表面微生物中起着关键作用。

 

6.使用超深宏基因组测序构建绵羊和山羊的肠道微生物Ref-宏基因组图谱(点我查看解读原文)

文章标题:A Catalog of over 5,000 Metagenome-Assembled Microbial Genomes from the Caprinae Gut Microbiota

发表期刊:Microbiology Spectrum

发表时间:2022.09.02

影响因子:9.043

研究内容:本研究使用超深宏基因组测序表征了来自中国6个省的30只羊亚科(Caprinae)动物的肠道菌群。构建了包含5046个宏基因组组装基因组(MAGs)的Caprinae肠道微生物物种集,其中2530个属于未培养的候选物种。这些基因组在很大程度上扩展了Caprinae肠道中当前微生物的基因组库,丰富了对Caprinae肠道微生物群的分类、功能和代谢多样性的理解,为动物生产和动物健康的未来研究提供了基础。

 

7.Frontiers in Plant Science期刊发表构属线粒体基因组异质性和系统进化最新进展(点我查看解读原文)

文章标题:Comparative analysis of mitochondrial genomes of Broussonetia spp. (Moraceae) reveals heterogeneity in structure, synteny, intercellular gene transfer, and RNA editing

发表期刊:Frontiers in Plant Science

发表时间:2022.12.01

影响因子:6.627

研究内容:本研究组装了三种构树高质量的线粒体基因组,并揭示了它们之间的结构和进化关系,为其他属植物的线粒体基因组研究提供了参考和方向;同时,还为构属植物细胞器基因组之间的信息交流提供了珍贵的遗传资源。

 

8.Nanopore宏基因组揭示冰川退缩过程土壤中微生物的演替和功能(点我查看解读原文)

文章标题:Microbial community dynamics from a fast-receding glacier of Western Himalayas highlight the importance of microbes in primary succession, nutrient recycling, and xenobiotics degradation

发表期刊:Ecological Indicators

发表时间:202210.10

影响因子:6.263

研究内容:本研究从喜马拉雅山脉西部一个快速退缩的冰川前缘研究了微生物群落动态。在发展中的前缘土壤中细菌群落呈递变梯度。在靠近冰川末端的位置,微生物群落比远离冰川末端的位置更丰富,而丰富度和多样性主要受土壤温度和PH的影响。Chhota Shigri前缘发现了参与C、N和S循环的微生物基因,表明前缘贫瘠土壤的微生物活动有助于营养循环,并为植物定植启动有机物的积累。本研究提供了喜马拉雅西北部快速退缩冰川微生物群落组成、递变梯度及其功能属性的全面认识。

 

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