您好,欢迎光临武汉贝纳科技有限公司
027-62435310 | service@benagen.com | 中文 | English 咨询客服
您现在的位置:主页 > 市场与支持 > 文献解读 >

IF=150+ | 贝纳基因王牌产品T2T基因组项目文章合集

 

T2T基因组旨在获得端粒到端粒的gapfree或gapless基因组,目前已是高质量基因组组装的新标准。

 

本期小编统计了该领域近期的成果情况,以T2T Genome Assembly、Complete Genome Assembly、Gap-free等多个关键词检索,2023至2024年上半年共计发表文献100余篇。其中,贝纳基因携手各位学者已完成几十个物种的T2T基因组研究工作,目前已有十几篇文章在Molecular Plant、Nature Communications、Plant Biotechnology Journal、Horticulture Research等期刊上发表。最新影响因子合计152.1。

 

贝纳基因近期T2T基因组项目文章列表

 
 

图片

 

以下展示了2024年部分T2T项目文章的主要研究内容,我们邀请各位读者共同分享贝纳基因在该领域的研究成果。

 

1、ONT 200K超长序列,助力黄瓜近完整参考基因组的实现(2024.06 期刊:Molecular Plant)

 ONT200K超长 项目文章|黄瓜近完整参考基因组及多组学综合数据库

 

图片

贝纳基因参与本研究Oxford Nanopore 200K超长测序工作。

 

该研究通过HIFI及ONT ultralong(N50>200K)序列混合组装策略,组装得到黄瓜近完整参考基因组(CLv4.0),并通过转录组测序,得到参考转录本数据集(CsRTD1)。同时本研究整合泛基因组、群体变异组、转录组以及核心种质材料信息,建立了第一个黄瓜多组学综合数据库Cucumber-DB(http://www.cucumberdb.com/),将泛基因组、转录组数据和不同的数据挖掘工具结合起来,为黄瓜研究提供了一个综合性的平台。

 

2、千金藤属物种端粒到端粒的gapless基因组(2024.02 期刊:nature communications)

 NC项目文章| 成都中医药大学等单位多组学研究加速广谱抗冠状病毒药物发现

 

图片

贝纳基因参与该研究基因组测序及部分分析工作。

 

该研究通过综合Nanopore超长(ultralong)测序、Pacbio高可信度(HiFi)测序、高通量染色质构象捕捉(High-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)测序等多种测序手段,成功获得了上述三个物种的高质量基因组,其中Stephania japonica的组装结果中所有的端粒(telomere)均被解析,且全基因组只剩一个空缺(gap),非常接近完整的端到端组装(Telomere-to-Telomere, T2T)结果。对千金藤属植物中苄基异喹啉生物碱的生物合成途径进行推测、千金藤素等苄基异喹啉生物碱的广谱抗冠状病毒活性解析,系统研究了千金藤素天然生物合成途径中系列代谢产物的广谱抗冠状病毒活性,为加速广谱抗冠状病毒药物开发提供了坚实基础。

 

3、枣和酸枣单倍型T2T基因组(2024.03 期刊:Horticulture Research)

 项目文章|枣和酸枣单倍型T2T基因组揭示其驯化机制

 

图片

贝纳基因参与本项目高质量分型T2T基因组的测序与组装工作。

 

本研究结合Illumina、PacBio HiFi、ONT和Hi-C测序技术,组装了高质量的栽培种枣及野生酸枣的染色体水平基因组,为进一步了解枣基因组进化和鉴定重要农艺性状相关的功能基因奠定坚实基础;种群结构确定了枣的地理起源,系统发育树和种群结构揭示了驯化过程中的引入和发展过程,为枣驯化及其种群结构提供了新的见解。

 

其他文章解读详见下方链接:

凤梨薄荷:项目文章|成都中医药大学发表凤梨薄荷T2T单倍型基因组

人参: 项目文章|人参T2T基因组揭示活性皂苷多样化的形成机制

大豆: Molecular Plant项目文章 | 南京农业大学宋庆鑫团队发表首个大豆T2T gapfree基因组

草莓: T2T基因组项目文章 | 园艺顶刊HR发表草莓属首个T2T基因组揭示草莓基因组进化和栽培八倍体草莓起源

胡萝卜: 项目文章|园艺顶刊Horticulture Research发表胡萝卜T2T参考基因组

桑树: HR项目文章|西南大学何宁佳团队发表首个桑树T2T基因组

野生蓝莓: HR项目文章 | 首个野生蓝莓T2T基因组提供了可溶性糖和花青素积累的见解

油菜: 参考基因组金标准--T2T基因组项目文章集锦

黄芩: HR项目文章 | 黄芩T2T基因组组装及CYP450基因家族分析揭示了黄芩花青素的生物合成机制

柠檬: https://mp.weixin.qq.com/s/CX424BNvLWprXoRzWmSGLA

西瓜:文献解读 | Molecular Plant 在线发表首个西瓜T2T基因组

水稻: 参考基因组金标准--T2T基因组项目文章集锦

 


Copyright © 2018 武汉贝纳科技有限公司 . All Rights Reserved. Designed by 鄂ICP备2021008976号-2技术支持:中网维优

友情链接

  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • 6
  • 7
  • 8
  • 9
  • 10