原核转录组
 

针对原核生物mRNA进行测序和分析。可用于：
表达分析：计算样本中基因的表达量，鉴定样品间差异表达基因，并进行差异表达基因的COG分类和GO、KEGG功能富集分析；
结构分析：优化已有基因结构、UTR注释，进行操纵子预测、反义转录本预测、启动子motif分析和变异检测等。

 

产品特色

 

测序样品在基因组上的覆盖度差异
 
将测序序列比对到参考基因组上，沿基因组依据覆盖深度绘图。结合基因在染色体上的分布结构，可以直观的反映样品间的差异。

差异表达基因的COG分类

基于所有差异表达基因的COG注释，进行COG分类统计。也可以根据您的需要，对比不同分组间，差异表达基因的COG分类差异。

操纵子结构预测

基于转录组数据，可以预测操纵子的结构。一般功能相近的基因会在一个操纵子里面，帮助您解析基因调控的机制。

启动子motif预测

启动子区域有一些保守的motif，在基因转录调控中起重要的作用。通过启动子motif预测，可以完善基因结构注释，发现新的调控原件。

方案设计
1. 炭疽杆菌野生型和CodY突变体，在全营养培养基，分别缺乏Fe、CO2、葡萄糖的培养基中培养。
2. RNA抽提，文库构建，测序，转录组分析。
3. 定量PCR验证一些基因的表达水平。
4. 染色质免疫共沉淀，检测候选基因是否被CodY直接结合。

研究结果
1. 野生型和CodY突变体，在不同环境饥饿处理下，基因表达模式都会发生改变。其中有一些基因只受环境调节，另一些受CodY调节。
2. 在铁饥饿环境下，铁稳态基因的表达与CodY无关，而铁转运蛋白和氨基酸合成基因的表达依赖于CodY的调节。
3. 在葡萄糖饥饿环境下，虽然CodY在代谢调控中有重要的作用，但是代谢相关基因的表达与CodY无关。
4. 响应CO2的基因的表达与CodY相关，这些基因的高表达依赖于CO2的浓度。
5. 作者推测，CodY的调节可能是层级的，并且与其他转录因子和环境因素相互作用。