一、产品简介

Direct RNA测序：不经反转录、无需扩增，直接读取含有Poly(A)的全长RNA(而不是cDNA)，可以检测单个RNA分子上的m6A、m5C、假尿苷(ψ)和肌苷等修饰位点，能准确分析可变剪接、融合基因和鉴定新异构体;此外,还可对Poly(A)尾长度进行相对准确的估算，还原真实的RNA特征。

二、Direct RNA测序优势

1. 单碱基水平RNA 修饰(m5C、m6A、假尿苷ψ和肌苷等)

2. 单分子read的Poly(A)长度

3. 准确度提升(reads质量中位值达Q21，m6A的识别准确率97.1%，假尿苷ψ(97.6%)，m5c(85.37%)和肌苷Ⅰ(93.8%))

三、特色分析内容

1. m6A修饰与转录本表达关联分析

2. 可变剪切与RNA修饰关联分析

3. Poly(A)长度与Poly(A)位点及转录本表达的关联分析

四、近期发表Direct RNA测序高分文献列表

案例一

使用Nanopore Direct RNA测序构建人源化肝脏的表观遗传学图谱(Journal of Hepatology,lF=25.7)

1. 基于人源化肝脏的Direct RNA测序数据分析，构建了人和小鼠肝脏转录组的从头注释。与人GENCODE v33数据库和小鼠GENCODEvM24数据库相比，分别鉴定到54.6%和70.8%的新转录本。基因间区中鉴定了212个新基因，并对其中一些基因进行了序列验证和功能验证。

2. m6A修饰位点分析发现有超过三分之一含有GGACA motif，其中超过40%具有转录本或基因表达水平的变化，表明RNA上的m6A修饰可以调控其表达水平。

3. Poly(A)尾长度分析显示Poly(A)尾长在转录本上的分布因基因而异。

参考文献：

Jiang C, et al. Comprehensive gene profiling of the metabolic landscape of humanized livers in mice. Journal of Hepatology 2023

案例二

项目案例：直接RNA测序揭示苹果抗链格孢菌病的分子机理(Developmental Cell, IF=10.7)

山梨醇是苹果中主要的光合产物和运输碳水化合物在调控苹果对链格孢菌的抗性中作为信号分子，通过调控R基因NLR16的表达发挥作用。然而，山梨醇如何介导这一抗性机制尚不明确。本研究通过直接RNA测序技术，揭示了山梨醇通过m6A 修饰调控苹果抗性的分子机制。

通过LC-MS/MS和直接RNA测序(DRS)结果均表明，山梨醇合成的减少导致苹果叶片中m6A修饰水平显著降低。DRS结果显示A10中m6A修饰位点显著减少，尤其是在CDS和3'UTR区。

A10中有12,010个差异m6A甲基化位点，超甲基化转录本表达水平较高，而低甲基化转录本表达水平较低表明m6A修饰与转录本丰度呈正相关。进一步研究发现，山梨醇通过调控甲基转移酶基因MdVIR1和MdVIR2的表达影响m6A修饰水平。功能实验证实，山梨醇通过MdVIR1/2调控的m6A修饰，稳定了MdWRKY79和MdNLR16的mRNA，提高其翻译效率，从而维持足够的MdNLR16蛋白水平，以识别链格孢菌的效应蛋白，触发免疫反应。

本研究揭示了山梨醇通过调控m6A RNA修饰介导苹果对链格孢菌抗性的分子机制，为植物抗病研究提供了新见解。

参考文献：Zhihua S, et al. Nanopore RNA direct sequencing identifies that m6A modification is essential for sorbitol-controlled resistance to Alternaria alternata in apple. Developmental Cell, 2025