1、Contig 只有1条，有必要做Hic吗

如果检测到一条contig两端有完整的端粒，理论上这就是一条T2T contig，也就是一条染色体；但是这个contig有没有组装错误或不合理的区域，还需要挂载HIC之后才能做出判断，所以对于T2T contig还是建议进行HIC挂载！

2、QV值是用二代数据评估的吗

是的。通过二代数据的 kmer 统计结果和基因组的 kmer 统计结果，比较其 kmer 种类数频数以及分布来评判基因组组装的质量和准确度。该分析使用的软件为 Merqury。亦可使用三代如hifi数据对于组装结果进行QV评估。

3、upstream和downstream用什么软件得出的结果？

upstream和downstream分别指染色体的两个末端，端粒的循环数。写脚本统计端粒区域碱基重复序列（5’ 端为 CCCTAAA，3’ 端为 TTTAGGG）即可。

4、用什么软件进行gap填补呢？

贝纳基因使用的是Bena-Gapcloser，此外目前公开的TGS-GapCloser、LR_Gapcloser都可以尝试使用。

5、有复杂基因组的测试结果么？高杂合度的那种？

高杂合基因组，目前只要进行分型组装就可以，组装过程中并不算是非常复杂的基因组，对于T2T基因组的组装，富含高串联重复的基因组是复杂基因组。

6、ONT错误率大概多少现在？

目前ONT R10 SUP数据准确性为哺乳动物>Q25, 植物>Q20。

7、Pore-C是否和HiC一样可以直接输入hifasm，haphic之类的组装工具？

Pore-C不能直接使用hifasm软件，haphic是可以的。

8、Proe-C和Hi-C分析的流程都一样的吗？

不一样；后续可以在我们的T2T生信实操课程中了解。

9、T2Tcontig是如何从组装的contig筛选出来的？

双端有端粒。

10、PPT上的QV值都是那些数据评估的？二代数据还是三代ONT的数据？

二代数据，使用 Merqury。

11、ONT only这种组装结果，需要polish吗？

目前不用polish就已经能达到Q40以上，使用二代或者HIFI数据polish对准确性的提高并不明显。

12、什么情况选择用Hi-C，什么情况下用Pore-C？

基因组比较简单，不是富含串联重复序列的复杂基因组，使用HIC。如果基因组较大，重复序列比较高，特别是短串联重复比例较高，以及多倍体基因组，建议使用Pore-c。

13、ont only组装那个10g基因组为什么比hifi的组装小。两个haplotype只有9G，hifi两个单倍型都是10G？

HIFI数据的组装保留了更多的杂合度，也就是冗余序列，目前我们看到的是未进行去冗余的初步组装的版本。

14、杂合度多少必须要做分型基因组呀

杂合度高于0.8%，建议做分型基因组。杂合度太高会导致组装质量降低。

15、porc数据可以应用hifiasm分型吗？

poreC数据无法直接用于hifisam进行辅助分型组装，建议在初步组装出分型组装结果后，在hic/poreC的数据中进行处理。

16、串联重复序列占比多少您认为算复杂基因组？

超过5%。

17、Pore-C辅助组装用什么软件呢？

C-phasing