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基于Nanopore测序的真菌基因组组装，是采用多种拼接软件和方法寻找最优基因组组装策略，构建高质基因组contig序列，两轮Racon纠错后，用二代数据进行两轮Pilon纠错，得到近染色体水平的真菌基因组准完成图。

Sample	Genome length	Contigs	N50	Min	Max
M01	35,285,615	8	4,119,573	3,221,876	7,819,315
M02	8,965,027	8	1,300,838	41,678	1,515,373
M03	39,061,637	8	5,956,987	39,572	6,694,482
M04	37,800,384	9	5,335,048	39,069	7,000,358
M05	33,306,468	10	4,615,082	57,351	9,442,567
M06	51,186,472	15	5,967,548	59,860	7,014,649

实测案例
注：M01、M02组装出的染色体条数与前人报导、核型分析一致，已达到完成图级别。

真菌基因组准完成图的优势
能跨越高重复区域和高复杂区域，解决了高重复、高杂合基因组的组装难题。
基因组组装指标实现从Kb到Mb的跨越，得到近染色体水平的准完成图。
可以直接检测到甲基化修饰信息，对于表观遗传学的研究有重要意义。

文献推荐
Recent Asian origin of chytrid fungi causing global amphibian declines[J]. ence, 2018, 360(6389):621.
Suresh P , Hiroshi H , Ishijima S A , et al. Utilization of Hybrid Assembly Approach to Determine the Genome of an Opportunistic Pathogenic Fungus, Candida albicans TIMM 1768[J]. Genome Biology and Evolution, 2018(8):8.
Cui C , Herlihy J H , Bombarely A , et al. Draft Assembly of Phytophthora capsici from Long-Read Sequencing Uncovers Complexity[J]. Molecular Plant-Microbe Interactions, 2019, 32(12).