抗生素抗性基因分析_微生物多样性_科技服务

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抗生素抗性基因（ARGs）分析

样品中有哪些ARGs？

ARGs丰度情况如何？

ARGs来自哪些菌种？

哪些可移动元件上携带有ARGs？

ARG分布于哪些位置？染色体还是质粒？

不同处理、不同背景下ARGs存在哪些差异？

抗生素抗性基因（ARGs）是一种新型、持久性的环境污染物，细菌中携带ARGs的质粒、整合子以及转座子等可在菌株间发生水平基因转移，菌株死亡后携带ARGs的DNA在环境中长期存在。^[^1]本分析使用Nanopore测序技术得到DNA完整序列，通过生物信息分析研究环境微生物中ARGs的分布及其序列，从而可进一步挖掘其功能及机制。

经过分析可得

目标样本中ARGs鉴定结果

各样本ARGs丰度

抗生素抗性基因簇

ARGs所注释到的物种信息

ARGs所在位置

[1]Knapp C W , Engemann C A , Hanson M L , et al. Indirect Evidence of Transposon-Mediated Selection of Antibiotic Resistance Genes in Aquatic Systems at Low-Level Oxytetracycline Exposures[J]. Environmental ence & Technology, 2008, 42(14):5348-5353.

结果图展示

ARGs位置区分点图
注：横坐标为样本名称；竖坐标为ARG；不同的颜色代表不同的Type;最上层为位于质粒的ARG；中间层为位于ICE上的ARG；最下层是位于在染色体上的ARG。

不同位置注释到ARGs数目饼状图

ARG Type丰度堆积图
注：横坐标代表不同样本；竖坐标代表丰度占百分比；不同的颜色代表不同的ARG Type。

分类sankey图

注：横坐标表示不同层级；不同的颜色代表不同的物种；数字代表注释到的Reads数。

文献推荐：

Lou EG, et al. Sensitivity and consistency of long- and short-read metagenomics and epicPCR for the detection of antibiotic resistance genes and their bacterial hosts in wastewater. Journal of Hazardous Materials. 2024.