一个物种一个家

基因组数据库相当于一个物种的官网，关心该物种的科学家可以通过访问网站了解物种信息、科研进展、下载基因组数据、进行blast等简单分析。基因组数据库最核心的模块是基因组浏览器，可以可视化查看基因结构、变异位点、基因表达等信息。

为什么要搭建基因组数据库

1. 方便共享数据

基因组数据库可以汇集一个物种的所有基因组信息，收集和共享数据；
 
2. 可视化分析数据

基因组浏览器可以对基因组碱基组成、基因结构、SNP等变异信息、基因表达量等进行可视化的生动展示；

3. 提威望

提高您在该领域的知名度和权威性；
   

4. 发文章

提高您在该领基因组数据库数据积累起来之后可以独立发文章域的知名度和权威性。
 
 

标准基因组数据库（单个物种）

几乎所有已测序国外机构测序的物种都建立了独立的基因组数据库，

比如：水稻、拟南芥、果蝇、小鼠、玉米、家蚕、可可等，还有近期发表的猕猴桃、无油樟。

 
我们推出的标准基因组数据库包含以下模块：

1. 物种信息：介绍该物种的进化地位、特性、科研进展等

2. 基因组信息：介绍基因组大小、组装结果、注释结果、图谱、共线性分析等

3. FTP服务器：方便下载基因组相关数据

4. 可视化Blast服务器：方便从基因组、CDS、蛋白序列中提取关心的序。

5. 基因组浏览器：基于Gbrowse或Jbrowse的基因组浏览器，可视化查看每一条序列的碱基组成、变异信息（支持重测序结果bam、vcf格式）每一条基因的结构、表达丰度（支持转录组数据）

同科（属）、同类物种基因组数据库

同一个科属的物种为了比较基因组学研究的方便，也建立了数据库。比如：蔷薇科、柑橘属。

相关物种为了功能基因组学的研究方便，建立了基因组数据库。比如：硬木、豆类、作物。

除了为每个物种提供标准数据库的功能外，多个物种数据库还可以提供比较基因组的分析。
 

功能多样 价格实惠

标准数据库仅需5万/个

Q1：什么是基因组数据库？

基因组数据库是收集、整合并管理一个或多个物种基因组信息的系统化平台。它不仅存储参考基因组序列，还包括基因注释、转录组、变异信息、功能基因组数据及相关元数据。数据库的目标是为科研人员提供高质量、可检索、可下载和可分析的基因组信息资源。

Q2：基因组数据库通常包含哪些内容？

 一个完整的基因组数据库通常包括：

· 基因组序列（染色体或scaffold级别）；

· 基因及功能注释（编码基因、非编码RNA、蛋白家族等）；

· 变异数据（SNP、Indel、结构变异等）；

· 表达和功能数据（转录组、蛋白组、表观遗传信息）；

· 群体及泛基因组信息（不同品种或群体的基因多样性）；

· 工具与接口（搜索、浏览、下载和可视化功能）。

Q3：基因组数据库的构建流程是怎样的？

1. 数据收集与清理：获取高质量基因组序列及相关数据，进行格式标准化与质量检查；

2. 数据注释：对基因组进行结构注释（基因、转录本）与功能注释（GO、KEGG、Pfam等）；

3. 数据库设计与架构：定义数据模型、关系表或图结构，规划存储和索引方案；

4. 数据整合与加载：将清洗、注释后的数据导入数据库，并保证数据完整性与一致性；

5. 前端工具开发：提供浏览器、搜索、可视化和下载接口，支持科研人员查询和分析；

6. 维护与更新：定期添加新数据、修正注释、优化性能，确保数据库长期可用。

Q4：基因组数据库在科研中有哪些应用？

· 功能基因组学研究：支持基因注释、表达分析和通路研究；

· 群体遗传与进化研究：提供不同品种、种群或物种间的变异和多样性数据；

· 育种与分子改良：辅助筛选功能基因与优良等位基因，提高作物或家畜改良效率；

· 跨学科整合分析：结合代谢组学、蛋白组学、表观遗传数据进行系统生物学研究；

· 数据共享与国际合作：提供标准化、可访问的数据资源，支持全球科研社区。

干种药用植物基因组数据库

经多年药用植物基因组测序事业的发展，由贝纳基因主导，多家单位共同参与的千种药用植物基因组数据库于2021年6月2日正式上线。

相关研究成果已于2022年3月23日发表在园艺学顶刊Horticulture Research。千种药用植物基因组计划旨在3-5年内收集整理并测序完成1000种重要的药用植物基因组，并构建一个全球最大的药用植物基因组数据库。该数据库汇集药用植物基因组数据及其相关信息，旨在推动药用植物基因组学、次生代谢产物合成生物学及相关分子育种研究。

访问网址：www.herbgenome.com