- LncRNA（Long non-coding RNAs）是一类长度大于200nt但不编码蛋白质，广泛存在于动植物中，具有很强的细胞或组织特异性的RNA分子。IncRNA测序可一次性获取样本中几乎全部的IncRNA信息，对IncRNA的类别、功能进行全方位的深入分析，从而快速全面准确的获得与特定生物学过程相关的IncRNA信息。
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案例分享 长链非编码RNA在精索静脉曲张诱导的生精功能障碍中调节精子发生 ( Cell Proliferation，IF=8.755 )
本研究采用IncRNA-seq技术对精索静脉曲张（VC）大鼠中IncRNA进行了测序，结果验证了IncRNA在睾丸中的表达以及与精子质量的关系，揭示IncRNA在VC诱导的生精功能障碍中的表达和功能。
VC组DE IncRNAs共表达的鉴定
为了详细阐明VC大鼠睾丸精子质量受损的机制，作者收集了整个睾丸样本进行IncRNA测序。与假手术组相比，VC组有244个DE IncRNAs表达上调，27个DE IncRNAs表达下调。在VC组和手术治疗组的对比中，鉴定出82个DE IncRNAs，其中42个上调，40个下调。Venn图分析显示，两次比较有11个DEIncRNAs重叠。其中VC组有8个DE Incrna表达上调，3个DE IncRNAs表达下调。
IncRNA-miRNA-mRNAt&IncRNA可以作为miRNA海绵，通过ceRNA网络来调控miRNA靶向基因的表达。本研究鉴定出21种Mo-miR-301a-5p和Mo-miR-328a-5p，它们可能结合4种DE IncRNAs，基于4个IncRNA，2个miRNA，12个mRNA构建了IncRNA-miRNA-mRNA调控网络。
目的基因功能富集分析
基于已建立的ceRNA网络探索其生物学过程和途径。DE IncRNA与炎症或免疫相关的生物过程、凋亡和氧化应激密切相关，如免疫效应过程、细胞因子产生、先天免疫反应、防御反应调节、白细胞凋亡过程和氧化应激反应。类似地，也发现了几种KEGG通路，表明DE IncRNA与VC的行为相关。
PPI网络的构建与hub基因的鉴定
通过STRING数据库预测了一个PPI网络来显示hub基因的相互作用。Metascape功能富集分析表明，8个GO项，其中包括细胞因子介导的信号通路、神经元死亡、细胞因子产生的阳性控制、干扰素a产生和对外界刺激的反应，以及弓形虫病和先天免疫系统通路与枢纽基因显著相关。
结论
研究结果将有助于理解VC致生精功能障碍的这些机制，并为VC诱导生精功能障碍的诊断和治疗找到新的生物标志物。
参考文献
Wang S, et al. Long noncoding RNAs regulated spermatogenesis in varicocele-induced spermatogenic dysfunction. Cell Proliferation, 2022.
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