针对目标性状，选取表型极端差异的亲本构建家系，并采用混池分组分析法(Bulk Segregant Analysis，BSA)进行性状定位。通过对表型极端子代分别构建的两个样本池及亲本进行测序，检测与目标性状相关的遗传变异，并进行功能注释，从而解析控制该性状的关键基因及其调控机制。

案例分享 

BSA精细定位控制桃花色和果色花青素缺乏的关键基因(Plant J，lF= 6.2)

文章题目:

Two loss-of-function alleles of the glutathione S-transferase(GST)gene cause anthocyanin deficiency in flower and fruit skin of peach (Prunus persica)

研究亮点:

1、采用BSA结合全基因组测序，对白花性状的遗传位点进行精细定位，锁定候选基因区域。

2、解析Pp3G013600基因的功能变异，发现其第3外显子中的插入/缺失突变导致蛋白提前终止，影响花色形成。

3、基于128份桃种质资源的遗传分析，验证Pp3G013600基因的突变与白花性状的完全关联性

4、通过病毒诱导基因沉默(VIGS)技术功能验证Pp3G013600基因在桃花色及果皮色形成中的作用，为桃育种提供关键基因标记.

主要研究结果:

  花色和果色是重要的农艺性状，目前尚无直接的遗传证据表明谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因与桃(Prunuspersica)的白花性状相关。该研究的遗传分析表明，白花性状由单基因控制，相对于非白花等位基因呈隐性遗传，并与非白花类型表现出多效性。通过BSA结合全基因组测序，将该性状的遗传位点初步定位于第3号染色体的0.421951-3.227115 Mb区域，并利用回交群体(BC1)进一步精细定位至0-1.178149 Mb。

  最终，利用151株F2个体和75株BC1自交(BC1 S1)个体，将该位点精细定位至535.974-552.027 kb区间。候选基因Pp3G013600位于该区间内，该基因编码已知参与花色素苷转运的GST。基因组序列分析发现，白花类型的Pp3G013600基因在第3外显子中存在2 bp插入或5 bp缺失突变，导致提前终止密码子生成，使蛋白长度从215个氨基酸缩短至167或175个氨基酸，推测其功能缺失。

  基于这些突变开发的分子标记在128份桃种质资源中验证了白花性状与Pp3G013600基因功能缺失的完全关联性。此外，通过病毒诱导基因沉默(VIGS)技术沉默Pp3G013600，发现桃果实中的花色素苷积累减少，进一步验证了该基因在桃花色及果皮色形成中的功能。本研究成果可为桃育种提供重要的基因标记，助力培育白花及浅色果皮品种。

参考文献

Lu Z, et al. Two loss-of-function alleles of the glutathione S-transferase (GsT) gene cause anthocyanin deficiency in flowerand fruit skin of peach (Prunus persica). Plant J. 2021.