单细胞全长转录组测序是指使用Nanopore测序技术直接读取10X Genomics处理单细胞后，反转录的全长cDNA，通过分析对每个细胞的isoform进行鉴定和定量，并检测单细胞水平的可变剪切事件。单细胞全长转录组测序通过结合单细胞以及三代长读长技术的优势，将单细胞转录组分析从基因水平提升至异构体水平。

样品数：6个起

截止日期：2025年4⽉15⽇

二代单细胞转录组测序的reads通常只能比对到基因的3'或5'端，丢失了可变剪切以及序列异质性等重要信息。

相比之下，单细胞全长转录组测序则能够对整条mRNA进行测序，从而获取完整的转录本序列信息。不仅可以获得全长转录本，还能对转录本进行定量分析并研究可变剪切事件，进而鉴定出更细致的细胞类型。单细胞全长转录组测序将单细胞分析从基因层面提升至转录本层面，分辨率更高。

参考文献

Wang M, et al. Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina. BioRxiv, 2024

Luyi T, et al. Comprehensive characterization of single-cell full-length isoforms in human and mouse with long-read sequencing. Genome Biology, 2021

Long, Y. et al. FlsnRNA-seq: protoplasting-free full-length single-nucleus RNA profiling in plants. Genome Biol, 2021.

Lebrigand, K, et al. High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing. Nat Commun, 2020

Singh, M. et al. High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes. Nat. Commun, 2019