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产品简介
常见问题
经典案例
结果展示
全长Transcripts时空动态全谱旨在构建一个物种不同基因的Isoform数据库,对不同组织、不同部位、一些特殊细胞,以及重要时期的Transcripts和可变剪接形式进行解析,绘制具有时空特性的细胞/组织/器官全长转录组精细图谱,重构生命体系中的动态网络,从转录本层面解析某一物种生命过程和活动规律。
产品优势
v 1、时期/组织特异性Transcripts鉴定
v 2、基于Transcripts全谱的动态功能网络构建
v 3、建立物种的可变剪接数据库
技术路线
产品应用
² 发育生物学研究和遗传学转录调控机制研究
² 疾病转录调控机制研究
² 重要经济物种Transcripts和可变剪接数据库构建
² 模式物种参考Transcripts和可变剪接数据库构建库
案例分享
长读长测序
构建迄今为止最大的
人
类
全长Transcripts
图谱
研究者使用基于Nanopore平台的全长转录组(Isoform定量转录组)测序,开展了迄今为止最大的长reads RNA序列数据集研究,鉴定到98372个新转录本,并结合质谱检测验证了相似比例的新转录本和注释转录本的蛋白表达。研究者开发了程序包LORALS,通过长reads等位基因特异性分析,解析罕见和常见基因变异对转录组的遗传效应。此项研究表明利用长读长reads对转录组进行高分辨率表征将是发现疾病相关变异调控机制的重要途径。
材料
选择
:
来自GTEx项目的所有组织样本和6个转染的成纤维细胞系与K562细胞系。
研究结果:
1、在MinION和GridION平台上对来自56个供体的88个样本和4个K562细胞株样本的全长cDNA进行了测序。这些样品同时进行二代转录组测序。长reads数据的基因和转录本定量与Illumina RNA seq的高度一致。
低相关的基因和转录本在ONT数据中表达较低,例如:复杂度较高的基因和具有多个外显子的转录本。
2、使用FLAIR对转录本进行定量分析,27461个基因共鉴定127478个转录本,其中77%是新转录本。在这些新转录本中,65571个与注释转录本共享至少一个剪接位点和27327个内含子。
3、转录本表达相关性表明新转录本具有组织特异性表达模式。成千上万的转录本只在一个组织中表达,或者在所有9个组织中有不同的转录率。单个组织特有的新转录本中,小脑半球和肝脏的特异性比率最高(分别为41%和19%)。
4、研究者比较了敲除样本和对照样本中的等位基因表达情况,揭示细胞环境变化可改变剪接调控,从而影响遗传变异的分子功能。
5、本研究在GENCODE v26注释中添加了76,278个编码基因的转录本,并使用VEP对GTEx WGS数据中的遗传变异进行重新注释。
参考文献
Dafni A G,
et al
. Transcriptome variation in human tissues revealed by long-read sequencing.
B
ioRxiv
, 2021.01.22.4276
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