案例分享
长读长测序对人和小鼠单细胞全长异构体的综合鉴定（bioRxiv）
作者基于10× Genomics平台开发了单细胞异构体测序技术（FLT-seq）和数据分析流程（FLAMES），整合了短读长和Nanopore测序技术的优点，可以检测和定量单个细胞的Isoform。识别出数千种未被注释的Isoform。在不同的细胞群体中发现了保守的功能模块。该方法揭示了以前未发现的Isoform复杂性，为多组学数据集成提供了一个更好的框架。
材料：scmixology 混合细胞系（scmixology1和scmixology2）、小鼠静态和活化肌肉干细胞（MuSCs）、来自患者（CLL2）的外周血单核细胞（PBMC）。
按照与参考转录本的比对情况，将转录本主要分为4种剪接类型，且在不同样品中的丰度不同。3个人样本中，均有许多特异转录本。CLL细胞和静止的肌肉干细胞具有更高比例的新转录本。
约80％的基因可以表达多种isoform。每个基因平均表达3-6个isoform，且两种表达量最高的isoform占总数的80％。
细胞受多种因素影响以一定频率随机选择isoform，包括转录活性和细胞特性的异质性。
在每个样品中鉴定了500-1,000个基因具有差异转录本（gDTU）。近一半的gDTU在scmixology1和scmixology2之间共享。揭示了不同样品之间共享通路，尤其是与转录和翻译相关的通路。
RPS24是小鼠和人之间高度保守的基因，不同的RPS24 isoform表达具有组织特异性，有些与肿瘤发展相关。而二代数据的基因水平分析中缺失了RPS24 isoform表达的异质性。
参考文献
Luyi T, et al. Comprehensive characterization of single cell full-length isoforms in human and mouse with long-read sequencing. BioRxiv, 2020.08.10.243543
027-62435310 |
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